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梵蒂冈在罗马城台伯河西岸，留存有许多古罗马人建筑与生活遗迹。从 4世纪开始，利用西罗马帝国的衰亡，罗马城主教乘机掠夺土地。到6世纪获得罗马城的实际统治权，宣称为“教皇”，并建造圣彼得大教堂和梵蒂冈宫， 8世纪又增建加洛林宫。
法兰克王国国王丕平（矮子）为酬谢教皇协助自己夺取王位，于754和756年两度出兵意大利，打败伦巴德人，并于 756年将罗马城及其四周区域送给教皇。史称“丕平赠土”。嗣后教皇权势日益扩张。在意大利中部出现了以教皇为君主、以罗马为首都的“教皇国”，直辖领土达 4万平方公里以上。1377年梵蒂冈宫成为教皇的主要住所。
15世纪建造了梵蒂冈图书馆和西斯廷礼拜堂、梵蒂冈城墙，16～17世纪初重建的圣彼得大教堂是意大利文艺复兴时期规模最宏大的建筑。达·芬奇、米开朗琪罗、拉斐尔等意大利文艺复兴名人都参加了这些建筑的设计、建造、装饰工作，梵蒂冈收集了大量文艺复兴以至古希腊罗马时期的珍贵艺术品和图书文献。梵蒂冈成为罗马教皇进行政治与宗教活动的中心。
19世纪中叶，意大利开始逐步统一，1861年建立意大利王国，罗马教皇领地的存在受到威胁。近代科学文化的发展和社会主义思想与运动的兴起，使罗马天主教会遭遇空前危机。为加强教皇权威，庇护九世（1846～1878在位）于1869年12月举行了第 1次梵蒂冈宗教公会，有欧洲及其他地区 700余名主教及高级宗教人士参加。
会议经过讨论争辩，于1870年通过了“信仰信条”，反对“现代理性主义谬论”，坚持天主教传统的教义教条，通过“教皇永无谬误”的信条，主张教皇权力神授，高于宗教会议，享有普遍而最高的宗教司法权。在会议进行时，意大利王国于1870年9月占领了罗马，宗教公会于10月休会。
1870年普法战争爆发，拿破仑三世把驻在罗马的军队调回本国，使得意大利王国的军队得以顺利开进罗马城，意大利的统一正式完成，而教宗被迫退居罗马城西北角的梵蒂冈宫中；之后历代教宗均敌视新的意大利王国，甚至不准信徒参与意大利王国的公职。同年意大利收复教皇占据的其他地区，完成国家的统一，消灭了教皇国，教皇的世俗权力被剥夺，并被迫退居梵蒂冈宫内。
1871年意大利政府颁布法令宣布，教皇人身不可侵犯，享有外交特权，允许对外自由来往，并给予年金。但为教皇所拒绝。
19世纪，法兰西第二帝国皇帝拿破仑三世以身为“教会的保护者”的名义出兵保护罗马城。
1929年2月11日，意大利墨索里尼政府同教宗庇护十一世签订了“拉特朗条约”，意大利承认梵蒂冈为主权国家，其主权属教宗。规定从同年7月起成为独立的城市国家。国名全称就叫梵蒂冈城国。梵蒂冈为永久中立国，其国土神圣不可侵犯。此条约正式解决了圣座与意大利政府间多年的纠纷。第二次世界大战期间，梵蒂冈仍按照《拉特兰协议》，保持中立，当时教宗为庇护十二世。意大利王国对意大利统一战争期间没收的教会财产进行了最终赔偿。
从法理上说，延续了11个世纪的教皇国在1929年2月11日这一天正式灭亡，由梵蒂冈城国取而代之。梵蒂冈城国拥有自己的货币、邮政、电讯及民政机构，是政教合一的体制。
第二次世界大战后，为克服教会危机，教皇约翰二十三世（1958～1963在位）于1962年10月召开了第 2次梵蒂冈宗教公会。有100 多个国家与地区的2000多名高级宗教人士参加，并邀请了其他宗教的代表列席。
大会经过4次会期〔后3次由教皇保罗六世（1963～1978在位）主持〕于1965年12月闭会。公会通过了16个文件，强调教会的作用主要在精神方面。教会被定义为“上帝的人民”，提倡关心现代政治、经济、文化、社会问题，对基督新教、东正教和其他宗教采取和解态度，强调信教自由与重视教育。对天主教主要的教义、教规仍重新加以确认，但对教会法规开始逐步修改，放宽了一些禁令和戒律。
1983年公布了修改的教会法典。
2009年1月1日，教廷宣称“意大利的法律过于繁杂，而且欠缺稳定、时常和天主教教义相违背”，正式宣布以后不再自动采纳意大利议会通过的法律。
