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向日葵茎秆腐烂是由向日葵菌核病菌侵染致病，菌丝体发达，白色，密集后形成菌核。病菌以菌核在土壤内、病残体中以及混杂在种子之间和种皮内越冬，第二年春暖气温达10℃左右越冬的菌核萌发产生子囊盘和子囊孢子，随风、雨传播，侵染后引起发病。连作、多雨、土壤潮湿、温度偏低的年份菌核病发生重。开花期多雨，花盘受害重。

1.与禾本科作物实行5~6年轮作。

2.深翻土壤。菌核主要在土表0~15公分处越冬，秋季深翻晒土，可以使菌核不能萌发。

3.适当晚播，可减轻病害。应注意后期增施磷钾肥，提高植株抗病性。

4.种子处理。用58℃~60℃恒温水浸种10~20分钟；用40%菌核剂，按种子重量0.3%进行拌种。

5.药剂防治。田间发现茎基部和花盘发病的，应及时采用50%腐霉利可湿性粉1500~2000倍、56%嘧菌酯·百菌清可湿性粉800倍、70%甲基硫菌灵1000倍、60%防霉宝超微可湿性粉1000倍喷雾。重点喷洒茎基部和花盘。