潍坊有机肥越来越成为作物的营养供应者、农民增产增收的好帮手。在最初的有机肥制作过程中，科研人员遇到了许许多多的困难，其中最为显著的就是下面的四大难点。
1.土壤污染物种类很多，现已有105种以上的物质对环境造成了污染。这些污染物结构和化学成分各不相同，所以不可能用105种微生物混合一起来做成制剂。基因转移更难以达到;
2.生物肥料中的菌剂有些不是典型的土壤微生物，当其制成菌剂施入土壤后难以成活，而且在使用前通常也只能保持3个月的货架期;
3.一种微生物具有提供植物营养功能(如固氮基因等)，但不一定能具有分解污染的能力(即分解物质的基因)。要实行基因转移十分困难，还要巨大的投资;
4.生物杀虫剂和生物除莠剂等的原理和菌种差异十分巨大，原则上为一菌一种用途。所以只能制成单一的菌剂。而且发挥作用的时间较长。
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