潍坊生物肥料之所以如此受欢迎，探其原因，主要是这生物肥料能有效地解决存在的一些问题，特别是无公害和消除环境的污染。因此，要研制出一种既具有肥料功能，又具有消除环境污染的能力的潍坊有机肥，就十分困难。其难点在于：
(1)一种微生物具有提供植物营养功能(如固氮基因等)，但不一定能具有分解污染的能力(即分解物质的基因)。要实行基因转移十分困难，还要巨大的投资;
(2)土壤污染物种类很多，现已有105种以上的物质对环境造成了污染。这些污染物结构和化学成分各不相同，所以不可能用105种微生物混合一起来做成制剂。基因转移更难以达到;
(3)生物杀虫剂和生物除莠剂等的原理和菌种差异十分巨大，原则上为一菌一种用途。所以只能制成单一的菌剂。而且发挥作用的时间较长;
(4)生物肥料中的菌剂有些不是典型的土壤微生物，当其制成菌剂施入土壤后难以成活，而且在使用前通常也只能保持3个月的货架期。
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