棉籽壳的用途：

可作为食用菌的营养基的一种原料，也可以作为沼气的原料。

棉籽壳作为食用菌栽培的一个主要原料，是国内利用范围最大的农副产品下脚料。利用棉籽壳栽培多种食用菌，具有栽培简单，适应性广，高产优质等优势。棉籽经过剥壳机分离，棉仁用于榨油，剩下的外壳就是棉籽壳，也称棉皮。根据剥壳机械的类型不同、棉花籽品种不同、产地不同、含水量不同、剥壳后碎棉仁粉过筛程度不同等。加工出来的棉籽壳的大小、颜色、棉绒长度、营养成份（含棉仁粉）也不一样。 棉籽壳主要用于：养殖食药用菌、作为饲料、饲养牲畜等。　据《食用菌学报》2009年第二期报道棉籽壳含有的有毒游离棉酚在食用菌栽培前通过发酵(巴氏消毒)预处理或高温高压灭菌能分解在安全值内；另有“棉子壳内的棉仁含量过高，会严重影响发菌”的说法：在实践栽培中证明这并非属实！由于食用菌栽培是非常复杂的生化过程，不能单凭遇到的某一现象而作论断！那样显然是不科学的，比如在有“中国食用菌之都”的福建省古田县的食用菌栽培者绝大部分就偏爱色黄、含棉仁多的棉籽壳用来栽培草腐菌类，而并未遇到“影响发菌”的问题，而在食用菌栽培过程中棉籽壳原料预处理不当就会造成“影响发菌”甚至不发菌的严重后果！比如平菇等可以发酵巴氏消毒预处理或高温高压蒸料；而栽培金针菇等就绝不能发酵处理而只能高温高压蒸料，否则就会根本“不发菌”甚至菌种不萌芽！当然本词条所说价低质差营养低的棉壳反而适合栽培木腐菌类，如：香菇、木耳、灵芝等。