棉籽壳主要用于：养殖食药用菌、作为饲料、饲养牲畜等。

棉籽壳行内通常分为大、中、小壳或以棉绒量大小而分为大绒壳、中绒壳、小绒壳、绒极少的甚至称为“铁壳”。含绒量的多少取决于原料棉籽脱短绒时而定，如棉短绒行情价高畅销，厂商便会尽量多削去短绒。食用菌栽培中棉壳的大小就产量而言没有太大的差别。因为很多油厂产出大壳后加以粉碎便成了小壳以适应栽培要求。主要反映在食用菌栽培过程中会有装袋密度大小的技术性要求：小壳装袋密度太大会出现发菌通气不良；而大壳装袋时亦易使栽培袋破损。