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青海可可西里国家级自然保护区是羌塘高原内流湖区和长江北源水系交汇地区。东部为楚玛尔河水系组成的长江北源水系，西部和北部是湖泊为中心的内流水系。区内1平方公里以上的湖泊有107个。200平方公里以上的湖泊有7个，最大的乌兰乌拉湖，湖水面积544.5平方公里，是青海省第四大湖。可可西里湖泊大部分为咸水湖或半咸水湖，矿化度较高。区内现代冰川广布，冰川总面积2000平方公里，有布喀达坂冰帽冰川，马兰山冰川、岗扎日冰川等。

该地区有许多奇特的自然景观，如山谷冰川，地表冻丘、冻帐、石林、石环、多彩的高原湖泊，盐湖边盛开的朵朵“盐花”，以及现代冰川下热气蒸腾，水温高达91℃的沸泉群等，组成了特有的旅游资源。乌兰乌拉山末端长达2000米的海相侏罗系剖面，对于开展地质、古地理、古生物等科学研究具有重要的意义。可可西里地区矿产资源主要有金、银、铅、锌、铁、石英、玉、煤、盐等。青可可西里被誉为“世界第三极”和青藏高原珍稀野生动物基因库，在自然环境保护，生物多样性保护，科学研究和生态探险旅游等方面具有重要的科研和生态价值。