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伊势神宫实现造替制度，内宫、外宫都保有两块相同大小的社殿用地，每隔20年依古法在另一块用地重建社殿并迁祭，称为"式年迁宫"。迁宫的对象包括内宫和外宫2所正宫、14所别宫、宇治桥，以及相关装饰品、武具、马具、乐器等共计714种1576件御装束神宝。重建后的汰换建材将分与神宫内其他社殿与施设所用，或让予日本各地神社以重复利用。式年迁宫始于持统天皇4年(690年)，平成25年(2013年)举行了第62回式年迁宫。
神代
据《日本书纪》，天孙降临之际，天照大神曾诏:"视此宝镜，当犹视吾。可与同床共殿，以为斋镜。"。天孙降临之后，历代天皇将天照大神祀于宫中。直至崇神天皇畏惧神威，而将之迁出别祭。垂仁天皇(纪元前69年-70年?!)皇女倭姬命为寻求令天照大御神镇座之地而遍旅国中。倭姬命自倭国，顺次移经丹波国、倭国、纪乃国、吉备国、倭国、大和国、伊贺国、淡海国、美浓国、尾张国、伊势国等地。在伊势国内，天照大神诏:"是神风伊势国，则常世之浪归国也，傍国可怜国也，欲居是国。"遂于现今五十铃川畔以"五十铃宫"之名镇座。移动之间，暂时镇座之处被称作元伊势。然而此乃根据记纪神话典籍之纪录，并无考古学资料之佐证。
此外，外宫以雄略天皇22年7月自丹波(丹后)比沼山顶迁至伊势山田为起源。不过记纪并未纪录外宫迁座之事。
古代
禁断私币。伊势神宫为皇室氏神，除天皇以外不得奉币。
实际上，自持统天皇次代的天皇至孝明天皇之间，历代天皇并未亲自参奉伊势神宫。期间则有斋王制度，每年进行2回奉币。而后醍醐天皇之时，斋王制度于末代斋王祥子内亲王之代廃绝。其后直到明治为止，皇室人员与伊势神宫之关系可谓断绝。
中世
随着朝廷衰微，伊势神宫从皇室专属之氏神，转变为镇守日本全体之大神，而为武士所崇敬。在神佛习合之教说中，为神道侧最高位的神只。此外，外宫则有度会家行所倡导之伊势神道(度会神道)。随着战乱扩大，神宫领亦遭侵略，神宫因失去经济基盘而衰微，式年迁宫亦不得不停止。获得神宫之信徒，于各地组织讲席的御师在此抬头。
近世，御荫参风行。许多民众在短期之间参诣神宫。
近代
明治政府将其地位定于国家神道顶点之神社。
第2次世界大战以后，为宗教法人神社本厅、定为全国神社之本宗。
佐藤荣作于1967年参拜以来、内阁总理大臣于1月4日开工之时参拜已成惯例。社民党村山富市成为首相时亦来宫参拜。
