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舟山港是一个以水水中转为主要功能的深水良港。客运方面与上海、宁波、福州、南通等港口均有定期班轮。货运航线通达中国沿海和长江中下游各港，国际上与日本、韩国、新加坡、马来西亚、美国、俄罗斯及中东地区均有贸易运输往来。

舟山口岸是以海港为主体的对外开放口岸。口岸的开放始于1981年5月，经国务院、中央军委批准嵊泗县绿华山和普陀区黄兴岛为外轮海产品交货锚地，同时开放沈家门港为国轮外贸运输港；1987年4月1日，经国务院、中央军委批准舟山港正式对外开放，其中沈家门、老塘山为对外开放作业区，定海港仅限于对国轮开放。经过二十年的发展，舟山市已形成了以舟山港沈家门、老塘山、定海三个作业区为中心，功能各异、相互配套的口岸开放基本格局。一类口岸主要布局为：老塘山作业区，现已建成老塘山2.5万吨级和1.5万吨级多功能码头各1座，主要通关集装箱和水水中转货物。沈家门作业区，已建成沈家门墩头2 000吨级码头1座，主要通关各类件什杂货。嵊泗的嵊山、泗礁、大洋；岱山高亭；普陀的桃花六横为5个二类口岸，达到了各县区都有开放口岸的目标。并先后开放了马峙、黄兴、绿华山、点灯山、野鸭山、普陀山、虾峙门7个外轮锚地。